Uudessa testamentissa Jeesuksen seuraajien joukossa on myös naisia. Kaikissa neljässä evankeliumissa mainitaan Magdalan Maria, joka ensimmäisenä pääsee todistamaan Jeesuksen ylösnousemusta. Magdalan Maria esiintyy nimenomaan pääsiäiskertomusten yhteydessä. Sen lisäksi Uudessa testamentissa kerrotaan vain, että Jeesus ajoi hänestä ulos seitsemän riivaajaa (Luuk. 8:1–3). Myöhemmässä kristillisessä perimätiedossa hänet on yhdistetty Luukkaan edellisessä luvussa mainitsemaan syntiseen naiseen (Luuk. 7:36–50) ja on arveltu, että Maria olisi ollut prostituoitu. Missään Raamatun tekstissä ei kuitenkaan implikoida Marian olleen prostituoitu, ja Luukkaan tekstiä lukiessa Marian yhdistäminen syntiseen naiseen ei vaikuta todennäköiseltä; tällöin Maria olisi varmasti esitelty nimeltä jo syntinen nainen -tarinan alussa.

Magdalan Marian ja Jeesuksen välisestä suhteesta tiedämme siis lähinnä sen, että Maria oli Jeesuksen seuraaja ja oppilas. Populaarikulttuurissa, viimeksi Da Vinci -koodi -teoksessa, on kuitenkin välillä väitetty, että Maria olisi ollut Jeesuksen vaimo. Tätä väitettä on perusteltu lähinnä kahdella seikalla. Ensinnäkin Filippuksen evankeliumi -niminen varhaiskristillinen teksti (johon Da Vinci -kirjailija Dan Brown tuskin on kovin syvällisesti tutustunut, koska sanoo kirjassaan sen olevan arameankielinen, vaikka todellisuudessa teksti on kirjoitettu koptiksi!) sanoo Marian olleen Jeesuksen kumppani ja Jeesuksen rakastaneen Mariaa muita oppilaitaan enemmän ja suudelleen tätä. Toisekseen on esitetty, että Jeesuksen ajan juutalaisuudessa kaikki miehet olivat naimisissa, koska naimattomuus ei kertakaikkiaan ollut sosiaalisesti hyväksyttävää.

Kumpikaan näistä perusteluista ei kuitenkaan ole sellaisenaan vakuuttava. Filippuksen evankeliumi on Uuden testamentin evankeliumeita myöhäisempi, ja se on kirjoitettu joko 100-luvun jälkipuoliskolla tai 200-luvun alussa (UT:n evankeliumit ovat syntyneet vuosien 70–100 välisenä aikana). Maininta Mariasta Jeesuksen ”kumppanina” ei myöskään yksiselitteisesti tarkoita puolisoa, sillä sanan yleisempiä merkityksiä ovat esim. liikekumppani, matkakumppani tai uskonveli/-sisar, ja aviovaimosta samassa tekstissä käytetään toista koptinkielen sanaa. Suutelu on monissa antiikin teksteissä erityisen hengellisen tiedon välittämisen metafora, ja kristityt olivat myös tunnettuja vaihtamistaan rauhansuudelmista (Room. 16:16), jotka ovat säilyneet monissa jumalanpalvelusliturgioissa ns. rauhantervehdyksinä meidän aikoihimme asti. Filippuksen evankeliumin maininta siitä, että Jeesus rakasti Mariaa enemmän kuin muita oppilaitaan, selittyy myös luontevasti sillä, että monissa varhaiskristillisissä teksteissä joku tietty oppilas nostettiin Jeesukselle erityisen läheiseksi. Esimerkiksi Johanneksen evankeliumissa esiintyy hieman salaperäinen miespuolinen lempioppilas (Joh. 13:23–25, 19:26–27, 20:1–9).

Lisäksi aivan kaikki ensimmäisen vuosisadan juutalaiset miehet eivät olleet naimisissa. Paavali sanoo elävänsä yksin (1. Kor. 7:7), joskin on mahdollista, että hän on jäänyt nuorena leskeksi. Jeesuksen aikana eli myös essealaisia, joista monet elivät omassa yhteisössään naimattomina. Myös rabbiiniset tekstit kertovat uskonnollisista opettajista, jotka elivät naimattomina ja omistivat elämänsä pyhien tekstien tutkimiselle.

Emme siis varmaksi tiedä, millainen Jeesuksen ja Marian suhde oli, ja siksi on vaikea tietää, mitä siitä yritettäisiin salata. On kuitenkin tärkeää muistaa, että Filippuksen evankeliumi, jonka perusteella Mariaa on väitetty Jeesuksen puolisoksi, on myöhäisempi kuin Uuden testamentin tekstit. Yhtenä monista tämän tyylisistä kirjoituksista Filippuksen evankeliumi katsotaan tutkimuksessa dokumentiksi, joka ei edes pyri kuvaamaan Jeesuksen maanpäällistä elämää, vaan on lähinnä kiinnostunut hengellisestä opetuksesta ja kehittelee eteenpäin Jeesuksen opetuksia. Vaikuttaa lisäksi epätodennäköiseltä, että tieto Jeesuksen avioliitosta olisi tuotu esiin vasta toisella vuosisadalla. Olennaisin ongelma "salausteorian" kannalta on se, että varhainen kristinusko oli hyvin hajanainen liike, johon mahtui mukaan hyvinkin erilaisia, keskenään kilpailevia suuntauksia ja joka vaikutti maantieteellisesti erittäin laajalla alueella. Siksi on hyvin vaikea uskoa, että jo varhain olisi saatu edes organisoitua yhteistä "salailuoperaatiota".