Juudean provinssia hallitsi vuodesta 26 jKr. vuoteen 36 jKr. prefekti Pontius Pilatus, jonka hallinta-alueeseen kuuluivat myös Samaria ja Idumea. Pilatuksesta tiedetään evankeliumien lisäksi Josefuksen ja Filonin teoksien pohjalta. Myös arkeologiset löydöt ovat tuoneet oman lisävalonsa Pilatuksen tutkimiseen. Vuonna 1961 nimittäin löydettiin Kesareasta teatterin raunioilta kalkkikiven palanen, jossa Tiberiukselle omistuskirjoituksen kirjoituttanut Pilatus esiintyi tittelillä prefekti. Aiemmin oli paljolti oletettu, että Pilatuksen virallinen titteli oli prokuraattori.

Filonin mukaan Pilatuksen hallintokausi tunnetaan levottomana ja hallinnollisesti epävakaana ajanjaksona. Vastoin edeltäjiensä sensitiivisempää uskontopolitiikkaa Pilatus loukkasi juutalaisia mm. sallimalla sotilaidensa tuoda juutalaisten kavahtamat jumalankuvat Jerusalemiin. Tämän tultua yleiseen tietoon suuri joukko kiivastuneita juutalaisia rynnisti Kesareaan Pilatuksen luo vaatimaan jumalankuvien poistamista. Pilatus uhkasi joukkoa kuolemalla mutta lopulta taipui tajuttuaan juutalaisen ryhmittymän olevan valmis kuolemaan asiansa tähden. Pilatus myös anasti Jerusalemin temppelin varoja rakentaakseen vesijohdon Jerusalemiin Salomonin lähteiltä. Tästä aiheutuneen mellakan hän taltutti lähettämällä ”siviilipukuisia” sotilaita tappamaan mielenosoittajia. Tuloksena oli verilöyly, jossa kuoli niin mellakoitsijoita kuin satunnaisia paikallaolijoitakin. Viimeinen Pilatuksen verisistä edesottamuksista oli Gerizimin vuorelle kokoontuneiden samarialaisten murhaaminen. Nämä olivat paikalla etsimässä pyhää astiaa uskonnollisen kansankiihottajan lumoamina. Verilöylyn johdosta Syyrian legaatti Vitellius määräsi Pilatuksen Roomaan puolustamaan tekoaan. Pilatuksen onneksi keisari Tiberius ehti kuolla ennen kuulustelua.

Evankeliumeissa Pilatus esitetään Jeesuksen kuulustelujen ja ristiinnaulitsemisen yhteydessä hieman vastahakoisena mutta juutalaisten johtajien tahtoon myöntyvänä maaherrana. Pilatus yrittää vapauttaa Jeesuksen panemalla paikalla olevat juutalaiset valitsemaan Barabbaan ja Jeesuksen vapauttamisen välillä (Mk 15:6–15). Matteus (27:24–26) kertoo Pilatuksen ottavan vettä ja pesevän symbolisesti kätensä siirtäen vastuun hänen syyttömänä pitämänsä miehen tappamisesta juutalaisten päälle.

Myöhemmässä historiassa legendat Pilatuksesta ovat kukoistaneet. Eusebiuksen mukaan Pilatus joutui maanpakoon Ranskaan ja lopulta teki itsemurhan Wienissä. Tämä on vielä periaatteessa jossakin määrin uskottavaa verrattuna esimerkiksi legendaan, jonka mukaan Pilatuksen ruumis heitettiin Tiber-jokeen mutta demonit alkoivat vaivata jokea siinä määrin, että ruumis siirrettiin Wieniin ja upotettiin Rein-jokeen. Pilatuksen vaimoa, joka perimätiedon mukaan oli Klaudia, muistetaan itäisessä kirkossa pyhimyksenä. Pilatus on myös modernina aikana inspiroinut lukemattomia kirjailijoita ja lyyrikkoja. Väitetään esimerkiksi, että Rolling Stones olisi saanut inspiraation mystiseen kohukappaleeseensa Sympathy for the Devil Mikhail Bulgakovin teoksesta Mestari ja Margarita, jossa Pontius Pilatus symboloi Stalinin hirmuvallan aikana ”pelkurimaisesti vaienneita”.